Avdeling for virologi ved Folkehelseinstituttet skal anskaffe et ekstraksjonsinstrument som muliggjør ekstraksjon av DNA og RNA fra virus i ulike prøvematerialer for videre molekylære analyser som PCR og sekvensering/NGS. Hovedsakelig er instrumentet tiltenkt ekstraksjon av hepatittvirus, men andre virus vil også være aktuelt. Ekstraksjonsplattformen skal være spesielt godt egnet for ekstraksjon av virus (i.e. hepatitt A, B, C, D og E) fra plasma og serum (i 2023 ble det ved FHI utført nukleinsyreekstraksjon av ca. 1000 hepatitvirusprøver; ca. 600 for RNA og 400 for DNA for videre PCR-analyser og sekvensering/NGS, men antallet vil variere avhengig av prosjekt og antall innsendte prøver). Videre bør instrumentet også være egnet for ekstraksjon av virus-DNA/RNA fra prøvematerialer som urin, spytt, fæces, LBC (liquid based cytology - celleprøver fra cervix), ferskt vev og formalinfiksert vev. Det vil legges vekt på at instrumentet er fleksibelt med tanke på prøvevolum, eluatvolum og antall prøver som kan ekstraheres samtidig. Instrumentet skal kunne analysere minimum 24 prøver samtidig, og ekstraksjonsprosessen bør være mest mulig automatisert. Det er ikke ønskelig med et stort instrument, både pga. begrenset plass i laboratoriet og begrenset antall prøver, så plasseffektivt utstyr vil vektlegges (i.e. “bench-top” instrument).
Input prøvevolum (inkl. dødvolum) bør være på 500µl eller mindre. Fleksibelt input-volum eller ulike protokoller for eksempel 200, 500 og 1000ul er tilstrekkelig. Fleksibelt elueringsvolum er ønskelig, ideelt helt ned til 50µl, eller lavere. Det vil også legges vekt på sporbarhet av prøver og kit. Her er det ønskelig med barkodeleser og/eller mulighet for import/eksport av prøveID til/fra LIMS. Pris per prøve skal i størst mulig grad være uavhengig av antall prøver som settes opp. Det er ønskelig med dokumentasjon fra studier som viser sammenlikning av ekstraksjonsutbyttet for hepatittvirus mot en av de vanligste ekstraksjonsplattformer, slik som MagNApure96, easyMAG/eMAG eller QIAamp-kit, samt egnethet for NGS-analyser. I tillegg ønsker FHI å gjennomføre en sammenlignende uttesting av alle leverandører i konkurransen, slik at leverandører som ønsker å være med i konkurransen må kunne oppfylle følgende kriterie:
- Gi FHI mulighet til å sende prøvemateriale til Leverandøren (eller til bruker-laboratorium etter instruksjoner fra Leverandøren) som videre utfører ekstraksjon av inntill 48 hepatittvirusprøver (serum/plasma) og sender eluat tilbake til FHI
VIKTIG:Prøver for uttesting vil være tilgjengelig for leverandør hos FHI fra og med dag to etter innleveringsfrist. Uttestingene (ekstraksjon av inntill 48 hepatittprøver) skal utføres i løpet av uke 42-43 og eluat leveres FHI innen 25.10.2024 kl 12:00. Etter denne dato vil FHI utføre videre uttestinger av eluatene m.t.p. virusutbytte og egnethet for tiltenkt bruk. Dette resultatet vil ha stor betydning i valget av ektraksjonsplattform. Det vil henholdvis bli inngått en varekjøpsavtale for instrumentet og en rammeavtale for forbruksmateriell/reagenser.