Prinsdalsbekken er en del av Ljanselva vassdraget, som har sitt utløp i Bunnefjorden. Det pågår flere prosjekter i området som har som formål å minske forurensing til vassdraget og fjorden, samt å forbedre tilstanden på dårlige avløpsledninger. Langs Prinsdalsbekken ligger det avløp fellesledninger (AF). Rørinspeksjoner som er utført viser at ledningene har mye røtter og innlekk av vann i ledningene og i kummene. Det er også stor fare for utlekk av kloakk til bekken.